在征地拆遷中，相關部門在作出征收決定之前就需要對未經登記的無證房屋進行調查、認定，在調查、認定后如果確實不存在歷史遺留問題等及他事實、客觀因素，房屋確實是違法建筑，那有關部門則可以依照《城鄉規劃法》《土地管理法》等相關的法律法規依法作出行政處罰決定。對于確實影響了城市規劃，無法通過補辦、繳納罰款來改正的，需要拆除的，有關部門則需要依法作出限期拆除決定等文件，要求當事人自行拆除，或是等到救濟期限屆滿之后，依法采取強制執行措施。

　　這里有兩點值得大家注意，一是，因歷史遺留問題等其他并非因老百姓的原因造成的無證房屋，一般情況下，相關部門不應以無證為由將房屋認定為“違法建筑”，比如房屋始建年限是1987年，甚至是更久，或者是說，該房屋是通過招商引資建設，是經過了政府相關部門的允許，基于信賴所建設的，那么，按照法不溯及既往的原則以及當地相關政策、部門的原因，該房屋從原則上來說則不宜以違法建筑的名義進行處理。也就是說，在被拆遷后，應當要按照合法建筑給予合理的補償。

　　實踐中，如果征收方一刀切地將此類房屋一律認定為“違法建筑”并不予補償，甚至直接強拆，該行為指定是不合法的，此時，被征收人則可以通過法律途徑來要求他們給予合理的賠償。

　　二是，對于真正的違法建筑，即必須要拆除的違法建筑，一般情況下在拆除時，相關部門是不需要向人民法院申請強制執行的，其有權依據相關的法律法規直接拆除。

　　《城鄉規劃法》第六十四條規定，未取得建設工程規劃許可證或者未按照建設工程規劃許可證的規定進行建設的，由縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門責令停止建設；

　　尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期改正，處建設工程造價百分之五以上百分之十以下的罰款；

　　無法采取改正措施消除影響的，限期拆除，不能拆除的，沒收實物或者違法收入，可以并處建設工程造價百分之十以下的罰款。

　　第六十五條規定，在鄉、村莊規劃區內未依法取得鄉村建設規劃許可證或者未按照鄉村建設規劃許可證的規定進行建設的，由鄉、鎮人民政府責令停止建設、限期改正；逾期不改正的，可以拆除。

　　第六十八條規定，城鄉規劃主管部門作出責令停止建設或者限期拆除的決定后，當事人不停止建設或者逾期不拆除的，建設工程所在地縣級以上地方人民政府可以責成有關部門采取查封施工現場、強制拆除等措施。

　　上述的法律法規中對違法建筑的調查、認定、處理主體已經規定的很明確的，城鄉規劃主管部門以及鄉、鎮人民政府、縣級以上人民政府自然資源主管部門等均是有權對違法建筑進行處理的。不過，需要大家注意的是，對于違法建筑的拆除，如果是沒有權限的部門，則仍然需要向人民法院申請，在獲得法院的準許后，才可以實施強制拆除行為。

　　換句話來說就是，違法建筑的認定和處理是縣級以上地方人民政府城鄉規劃主管部門的法定職權，即使是法院也沒有權力直接對違法建筑進行認定和處置。實踐中，如果有部門越權對違法建筑進行處置、認定等，那么，建議當事人盡快通過法律途徑來維護自己的合法權益。